]#include <DueTimer.h>

const int RPM_PIN=3;
volatile int rpm                = 0;    // Тахометр
volatile int rpm_tik            = 0;    // Импуслы тахометра

void rpm_count(){
  rpm_tik++;
}

void SensorData(){
  rpm = rpm_tik;
  rpm_tik = 0;
}

void setup(){
   Serial.begin(9600);
   pinMode(RPM_PIN,INPUT);
   attachInterrupt(RPM_PIN,  rpm_count,  RISING);
   Timer3.attachInterrupt(SensorData);
   Timer3.start(1000000);
}

void loop(){
    Serial.println(rpm/2*60);
    delay(500);
}
на малых оборотах двигателя все соответствует истине. 
Но при увеличении оборотов показания начинают завышаться.
 Так при оборотах 5000-5500 (примерное значение, ибо прибор аналоговый) - 
 получаю значение 6600 и выше. В чем может быть проблема?

Заменил вызов прерывания на:

attachInterrupt(digitalPinToInterrupt(RPM_PIN), rpm_count,  RISING);
вместо

attachInterrupt(RPM_PIN, rpm_count,  RISING);
Все заработало правильно.