// PB3 PB4 === +-
// PB2 === led

#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>

int a=0,set=0;
unsigned long milliss,times;
bool w;

int main(void) {
  cli();
  DDRB |= (1<<PB0)|(1<<PB1)|(1<<PB2);
  PORTB |= (1<<PB3)|(1<<PB4);
   
  TCCR0A = 0;
  TCCR0B = 0;
  TCNT0 = 0;
  TCCR0A |= (1<<COM0B1)|(1<<COM0A1);
  TCCR0A |= (1<<WGM01) | (1<<WGM00);
  TCCR0B |= (1 << CS01) | (1 << CS00); 
  a=EEPROM_read(0);
  set=EEPROM_read(1);
  OCR0B = a; 
  OCR0A = a;
  sei();  
  
while(1) { 
  if(((PINB >> PB3) & 1)==LOW && ((PINB >> PB4) & 1)==HIGH){a++;if(a>255){a=255;}OCR0A=a;OCR0B=a;times=milliss;w=1;PORTB &=~ (1<<PB2);}
  if(((PINB >> PB4) & 1)==LOW && ((PINB >> PB3) & 1)==HIGH){a--;if(a<0){a=0;}OCR0A=a;OCR0B=a;times=milliss;w=1;PORTB &=~ (1<<PB2);}
  
  if(((PINB >> PB4) & 1)==LOW && ((PINB >> PB3) & 1)==LOW){set++;if(set>3){set=0;}PORTB &=~ (1<<PB2);_delay_ms(300);EEPROM_write(1,set);
  }
  switch(set){
    case 0: TCCR0A &=~ (1<<COM0B1);TCCR0A |=(1<<COM0A1);break;
    case 1: TCCR0A &=~ (1<<COM0A1);TCCR0A |=(1<<COM0B1);break;
    case 2: TCCR0A |= (1<<COM0B1);TCCR0A |=(1<<COM0A1);break;
    case 3: TCCR0A &=~ (1<<COM0B1);TCCR0A &=~(1<<COM0A1);break;
    }
  milliss++;
  _delay_ms(20);
 if(set<3){PORTB |= (1<<PB2);} else{PORTB &=~ (1<<PB2);}
  if(milliss-times>20&&w==1){w=0;EEPROM_write(0,a);}
}}

unsigned char EEPROM_read(unsigned int uiAddress){
  while(EECR & (1<<EEPE));  // проверка готовности EEPROM 
    EEAR = uiAddress; // регистр адреса
    EECR |= (1<<EERE);// чтение EEPROM
    return EEDR; // вывод значения
}
 
void EEPROM_write(unsigned int uiAddress, unsigned char ucData){
  while(EECR & (1<<EEPE)); // проверка готовности EEPROM 
      EEAR = uiAddress; // регистр адреса
      EEDR = ucData; // регистр данных 
      EECR |= (1<<EEMPE);// Разрешение записи в EEPROM
      EECR |= (1<<EEPE); // Запись в EEPROM
} 
 

индикатор на pb2

// PB3 PB4 === +-|set
// PB2 === led

#include <avr/io.h>
#include <util/delay.h>

int a=0,set=0;
unsigned long milliss,times;
bool w;

int main(void) {
  cli();
  DDRB |= (1<<PB0)|(1<<PB1)|(1<<PB2);
  PORTB |= (1<<PB3)|(1<<PB4);
  TCCR0A = 0;
  TCCR0B = 0;
  TCNT0 = 0;
  TCCR0A |= (1<<COM0B1)|(1<<COM0A1);
  TCCR0A |= (1<<WGM01) | (1<<WGM00);
  TCCR0B |= (1 << CS01) | (1 << CS00); 
  a=EEPROM_read(0);
  set=EEPROM_read(1);
  OCR0B = a; 
  OCR0A = a;
  sei();  
  
while(1) { 
  if(((PINB >> PB3) & 1)==LOW && ((PINB >> PB4) & 1)==HIGH){a++;if(a>255){a=255;}OCR0A=a;OCR0B=a;times=milliss;w=1;PORTB |= (1<<PB2);}
  if(((PINB >> PB4) & 1)==LOW && ((PINB >> PB3) & 1)==HIGH){a--;if(a<0){a=0;}OCR0A=a;OCR0B=a;times=milliss;w=1;PORTB |= (1<<PB2);}
  
  if(((PINB >> PB4) & 1)==LOW && ((PINB >> PB3) & 1)==LOW){set++;if(set>3){set=0;}PORTB |= (1<<PB2);_delay_ms(300);EEPROM_write(1,set);
  }
  switch(set){
    case 0: TCCR0A &=~ (1<<COM0B1);TCCR0A |=(1<<COM0A1);break;
    case 1: TCCR0A &=~ (1<<COM0A1);TCCR0A |=(1<<COM0B1);break;
    case 2: TCCR0A |= (1<<COM0B1);TCCR0A |=(1<<COM0A1);break;
    case 3: TCCR0A &=~ (1<<COM0B1);TCCR0A &=~(1<<COM0A1);break;
    }
  milliss++;
  _delay_ms(20);
  PORTB &=~ (1<<PB2);
  if(milliss-times>20&&w==1){w=0;EEPROM_write(0,a);}
}}

unsigned char EEPROM_read(unsigned int uiAddress){
  while(EECR & (1<<EEPE));  // проверка готовности EEPROM 
    EEAR = uiAddress; // регистр адреса
    EECR |= (1<<EERE);// чтение EEPROM
    return EEDR; // вывод значения
}
 
void EEPROM_write(unsigned int uiAddress, unsigned char ucData){
  while(EECR & (1<<EEPE)); // проверка готовности EEPROM 
      EEAR = uiAddress; // регистр адреса
      EEDR = ucData; // регистр данных 
      EECR |= (1<<EEMPE);// Разрешение записи в EEPROM
      EECR |= (1<<EEPE); // Запись в EEPROM
} 
 

Есть вариант использовать только 2 кнопки

10 - нажата первая +++
01 - нажата вторая ---
11 - нажаты обе === как нажатие кнопки SET

Вполне себе годный вариант.
Про reset  знаю, собрал себе доктора на такой случай.

10 - нажата первая +++
01 - нажата вторая ---
11 - нажаты обе === как нажатие кнопки SET

P. S. Про индикацию режима вкл и мигание светодиодом при нажатии кнопок - есть же вывод reset  или можно было б на аналоговый вывод кнопки "+/-" подцепить?
Но то такое, и так всё отлично работает.

Правда Ваши комментарии к коду немного запутали - после загрузки, как я понимаю, case 0, но включены оба канала.